Fungi pyrophiles — Les champignons qui mangent le charbon après les incendies

Après un feu de forêt, le sol carbonisé semble stérile. Pourtant, dans les jours qui suivent, des organismes émergent du charbon encore tiède. Ce sont les fungi pyrophiles — des champignons littéralement « amoureux du feu » — qui non seulement survivent aux incendies, mais en dépendent pour prospérer. Une étude de l''Université de Californie à Riverside, publiée en janvier 2026 dans PNAS, révèle pour la première fois comment ces organismes ont évolué pour digérer le charbon.

Le terme pyrophile vient du grec pyro (feu) et philos (qui aime). En mycologie, il désigne des espèces fongiques qui apparaissent préférentiellement — voire exclusivement — sur les sols brûlés. On les appelle aussi champignons pyrophytes ou, en anglais, pyrophilous fungi.

Pour bien comprendre ce mécanisme, il faut distinguer deux stratégies :

1. Les résistants : certains champignons produisent des sclérotes, des structures dormantes extrêmement résistantes à la chaleur, capables de survivre des décennies dans le sol. Quand le feu passe, ils sont déjà en place.
2. Les opportunistes : d''autres colonisent rapidement les sols brûlés depuis les zones adjacentes non touchées, profitant de la quasi-absence de concurrence.

Dans les deux cas, ces champignons jouent un rôle écologique fondamental : ils décomposent le charbon, recyclent les nutriments piégés et amorcent la succession écologique qui permettra à la végétation de se réinstaller.

L''équipe de Sydney Glassman, professeure associée de microbiologie à UC Riverside, a collecté des champignons sur sept sites de feux de forêt en Californie pendant cinq ans. En séquençant leurs génomes et en les exposant à du charbon en laboratoire, Glassman et le premier auteur Ehsan Sari ont identifié trois mécanismes génétiques distincts permettant la digestion du charbon.

1. Duplication de gènes — Aspergillus#

Le genre Aspergillus (moisissure verte) utilise un mécanisme de « copier-coller biologique ». Concrètement, cela signifie que ces champignons ont dupliqué les gènes codant pour les enzymes de dégradation du charbon, augmentant leur capacité de production enzymatique. Plus de copies = plus d''enzymes = plus de charbon digéré.

2. Recombinaison sexuée — Basidiomycota#

Les champignons du groupe des Basidiomycota (qui inclut les champignons à chapeau classiques) utilisent la reproduction sexuée pour recombiner leurs gènes et accélérer l''évolution de leur métabolisme. Cette stratégie est plus lente que la duplication, mais produit une diversité génétique plus grande.

3. Transfert horizontal de gènes — Coniochaeta hoffmannii#

C''est la découverte la plus remarquable. Coniochaeta hoffmannii a acquis ses gènes de dégradation du charbon directement à partir de bactéries par transfert horizontal de gènes. Ce type d''échange génétique entre règnes du vivant (champignon ← bactérie) est « incroyablement rare », selon Glassman. C''est comme si un mammifère avait « emprunté » un gène à un poisson.

Les feux de forêt sont en augmentation mondiale, en grande partie à cause du changement climatique. En 2023, le Canada a vu brûler plus de 18 millions d''hectares — un record absolu. La Californie, l''Australie, la Sibérie et le bassin méditerranéen connaissent des saisons de feux toujours plus intenses.

Chaque incendie produit d''énormes quantités de charbon de bois (biochar), une forme de carbone très stable et difficile à décomposer pour la plupart des organismes. Sans les fungi pyrophiles, ce charbon s''accumulerait indéfiniment, modifiant la chimie des sols et bloquant la régénération végétale.

Les champignons pyrophiles assurent donc un service écosystémique essentiel : ils remettent le carbone en circulation dans le sol, nourrissant les micro-organismes et les plantes qui suivront. Ce rôle dans le cycle du carbone est un maillon méconnu mais indispensable.

La chimie du charbon de bois est remarquablement proche de celle de certains polluants industriels — hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP), résidus de combustion, goudrons. Si des champignons peuvent digérer le charbon, ils pourraient aussi dégrader ces polluants.

L''équipe de Glassman identifie plusieurs applications potentielles :

• Marées noires : dépollution des sols contaminés par les hydrocarbures
• Déchets miniers : traitement des résidus de combustion dans les zones d''extraction
• Sites industriels : décontamination des sols chargés en HAP
• Gestion post-incendie : inoculation de sols brûlés pour accélérer la récupération

Cette approche, appelée mycoremédiation, est encore expérimentale mais présente un avantage majeur sur les méthodes chimiques : elle est autonome, peu coûteuse et ne génère pas de sous-produits toxiques.

Les fungi pyrophiles illustrent un point fondamental : la diversité fongique est massivement sous-étudiée et sous-protégée. On estime qu''il existe entre 2 et 4 millions d''espèces de champignons sur Terre, dont moins de 150 000 ont été décrites. La majorité des espèces restent inconnues de la science.

Le programme Underground Atlas de SPUN (Society for the Protection of Underground Networks), dirigé par la lauréate du Tyler Prize 2026 Toby Kiers, travaille à cartographier cette biodiversité souterraine. Mais pour les champignons pyrophiles spécifiquement, la recherche en est à ses débuts : la plupart des espèces identifiées proviennent de forêts tempérées nord-américaines et européennes. Les écosystèmes tropicaux, pourtant de plus en plus touchés par les incendies, restent largement inexplorés.

Les fungi pyrophiles ne sont pas une curiosité de niche. Ce sont des acteurs essentiels de la résilience des écosystèmes face aux incendies — un phénomène dont la fréquence et l''intensité ne feront qu''augmenter. La découverte de leurs mécanismes génétiques ouvre des perspectives concrètes en bioremédiation industrielle.

Trois éléments sont à retenir :

1. Trois voies évolutives distinctes permettent aux champignons de digérer le charbon — duplication, recombinaison et transfert horizontal entre règnes.
2. Ces mécanismes pourraient être exploités pour dépolluer des sols industriels contaminés.
3. La diversité fongique pyrophile reste largement inconnue, en particulier dans les écosystèmes tropicaux.

• How fire-loving fungi learned to eat charcoal — UC Riverside News, 29 janvier 2026
• Fire-loving fungi have learned to eat charcoal — UC Riverside CNAS
• After a fire, they feast: Some fungi have learned to eat charcoal — Earth.com